.회생절차폐지 선포하고 "옥내의 집회 및 시위를 금지하며, 비상계엄 지역 내에서 압수·수색·체포·구속에 관해 법관의 영장 없이 이를 집행할 수 있다"는 내용이 담긴 계엄포고를 발령했다. A씨는 1964년 6월2일 여관에서 해당 시위에 사용할 현수막을 만들던 중 경찰에 체포됐으며, B씨는 같은 달 4일 서울 종로에서 불심검문을 통해 체포돼 경찰서로 연행됐다. 이후 영장 없이 구속된 A씨 등은 군검찰에 의해 내란예비음모 및 내란미수 혐의로 기소됐고, 계엄포고가 해제된 뒤 검찰이 사후 구속영장을 발부받은 같은 해 7월29일까지 불법 구금됐다. A씨 등은 1964년 9월 국회에서 '6·3사태 관련 구속 학생 석방 건의안'이 가결된 뒤에야 보석으로 출소했다. 기소된 혐의에 대해서는 검찰에서 혐의가 가볍다는 이유로 공소를 취소했고, 법원에서도 공소기각 결정을 내렸다. 이후 2023년 12월 진실·화해를위한과거사정리위원회(진실화해위)는 이 사건을 '한일회담 반대운동 대학생 불법 구금 등 인권침해 사건'이라 하며 진실 규명을 결정했다.