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과세사업자, 면세사업자로 잘못 사업자등록 정정신고해도 매입세액 공
글번호 22437 등록일 2025-11-19
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.마약전문변호사 법인세법상 면세사업자로 등록한 사업자가 과세사업자로 사업자등록정정신고를 하고, 다시 과세사업자에서 면세사업자로 정정신고를 하였다면 여전히 과세사업자로서의 사업자등록 효과가 유지되어 매입세액을 공제받을 수 있다는 판결이 나왔다. 대법원은 "과세관청의 잘못된 사무처리로 인해 과세사업자에서 면세사업자로 변경하는 내용의 사업자등록정정신고가 수리되었다고 하여, 이미 적법하게 과세사업자로서 사업자등록을 마치고 부가가치세 과세사업을 계속 영위하고 있는 사업자에게 명확한 법적 근거도 없이 매입세액 불공제의 불이익을 줄 수는 없다"고 판결하였다. 이 사건의 원고는 당초 법인세법상 면세사업자로 등록하였다가 과세사업자로 변경하는 사업자등록정정신고를 하였고, 이후 다시 과세사업자에서 면세사업자로의 사업자등록정정신고를 하였다. 이에 따라 납세자는 자신이 영위하는 사업을 면세사업으로 보고 부가가치세를 신고납부하지 않았다. 과세당국은 세무조사에서 납세자가 영위하는 사업을 부가가치세 과세사업으로 보고 부가가치세를 추징하였다. 이 때 과세당국은 납세자가 면세사업자로 사업자등록정정신고를 한 이후에는 부가가치세법상 과세사업자로 사업자등록이 되어 있지 않으므로 이 때 교부받은 세금계산서상 부가가치세 매입세액은 공제되지 않는다고 보았다.


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